По споразумение с финансиращите институции проектът е разделен на два основни пакета:

Лот Б1 - Нов пътнически терминал и прилежаща инфраструктура
Новият пътнически терминал се състои от три основни елемента:
(a) Сграда на терминала;
(б) Галерия;
(в) Покрит паркинг.

Лот Б2 - Нова пистова система и съпътствуващи работи
(а) Нова писта (3 600 м х 45 м плюс странични ивици за безопасност), разположена успоредно на съществуващата;
(б) удължаване на съществуващата писта и превръщането и в успоредна пътека за рулиране;
(в) Нови свързващи и скоростни пътеки за рулиране с обща площ около 60 000 м2;
(г) Мост над река Искър и укрепване на бреговете и;
(е) Наземно осветление на летателното поле, съвременни навигационни средства (ИКАО Категория ІІІ) и комуникации;
(ж) Подстанция за пожарна и аварийна безопасност, вкл. съоръженията;
(з) Сграда за наземно осветление на летателното поле, вкл. оборудването;
(и) Антиобледенителни площадки, сервизни пътища, отводнителна система;

През 1993 г. Министерството на транспорта възлага на международната консултантска фирма "Sir William Halcrow and Partners Ltd" проучването на бъдещото развитие на Летище София, както и изследването на различни варианти за осъществяването му. Разработката обхваща прогнози за бъдещия трафик, разчети за нужния капацитет, определяне на необходимите капиталовложения, както и оценка на влиянието върху околната среда.

По-късно е възложено извършването на нови пред-инвестиционни проучвания на общо три консултантски фирми:- Sir William Halcrow and Partners Ltd. - 1996 г; Sir Alexander Gibb & Partners Ltd. - 1996 г.; Колектив български специалисти - 1996 г. През същата година колектив от експерти изготвя предварителна оценка на въздействието върху околната среда, за резултатите от която е проведено обществено обсъждане.

През месец септември 1997 г. е подписан Финансов договор между Правителството на Република България и Европейската Инвестиционна Банка (ЕИБ) за финансирането на нов пътнически терминал и прилежаща инфраструктура. В договорът не се говори за стоеж на нова писта, а само за удължаване и модернизиране на старата. Заемът възлиза на 60 млн. евро, ратифициран със закон, приет от Народното събрание на 5 ноември 1997 г.

За строителството на новата пистова система на 22.06.1998 г. бе подписан договор между правителството на Република България и Кувейтския фонд за арабско икономическо развитие на стойност 12,3 млн. кувейтски динара или приблизително 41,5 млн. евро, ратифициран със закон, приет от Народното събрание на 28 октомври 1998 г.

Съгласно договорите с финансиращите институции за успешното изпълнение на проекта и доброто управление на дейностите, Летище София трябва да бъде подпомогнато от консултанти с международна репутация. За осигуряване на финансирането им са отпуснати през април 1998 г. средства по национална програма PHARE за техническа помощ на стойност 7,6 млн. Евро.

По този начин финансирането е осигурено и договорите за заеми са подписани преди цялостна стратегия за развитието на проекта да бъде завършена и одобрена. Едва през март 1999 г. е утвърден Генералния план за развитие на проекта със съвместна заповед на Министъра на регионалното развитие и благоустройството и Министъра на транспорта.

След направената през 1996 г. предварителна оценка на въздействието върху околната среда /ОВОС/, през 2000 г. са изготвени два окончателни доклада по ОВОС, които оценяват въздействието на новия пътнически терминал и новата писта по отделно, без дори да включват съществувашите летищни съоръжения.

През 2000г. проектът става основна част от Пакта за Стабилност за Югоизточна Европа и получава безвъзмездна финансова помощ в рамер на 50 милиона евро от пред-присъединителния фонд на Европейския съюз - ИСПА за финансиране на строителството на новия пътнически терминал. През декември същата година е подписан с българското правителство Финансов меморандум за предоставянето й.

През април 2000г. се проведе процедура за предквалификация за строителство на Лот Б1. След процедура, проведена по правилата на програма ФАР, холандската консултантска фирма NACO е избрана за "инженер" съгласно FIDIC договора за строителство.

През април 2001 г. е проведена процедура за предквалификация по правилата на Кувейтския фонд за арабско икономическо развитие за определяне главен изпълнител на строителството на пистовата система. За супервизия на строителството на новата пистова система чрез международен търг бе избран консорциумът COWI (Дания) - КЕО (Кувейт) - STROL 1000 (България).

През август 2002г. се проведе търг за избор на главен изпълнител на строителството на нова сграда на пътническия терминал и прилежаща инфраструктура - Лот Б1. На 16 декември 2002 г. в Министерство на транспорта и съобщенията се подписва Договор за строителство на нов пътнически терминал и прилежаща инфраструктура на Летище София от Министерство на транспорта и съобщенията и фирма Strabag International GmbH (Австрия) и Летище София ЕАД.
Изборът на изпълнител за Лот Б2 - строителство на нова пистова система и съпътстващи работи е извършен след проведен търг през юни 2002 г. Комисия, назначена от Министъра на транспорта и съобщенията Пламен Петров, извърши разглеждане и оценяване на получените оферти въз основа на критериите за оценяване, заложени в тръжните документи. Избран е консорциума с лидер фирмата Mohammed Abdulmohsin Al-Kharafi & Sons for General Trading, General Contracting & Industrial Structures W.L.L /Кувейт/ и партньор Admak General Contracting Company /ОАЕ/. На 14 март 2003 г. в Министерството на транспорта и съобщенията официално е подписан договора за изпълнение.