Водородната инфраструктура ще трябва да бъде структурирана по различен начин от газовата, за да се постигне нейната максимална ефективност. Тя трябва да бъде планирана така, че да пренася водород към районите с повишено търсене, като индустриални центрове например. Ако се планира в непосредствена близост до обекти за производство на възобновяема енергия това би намалило разходите за изграждането ѝ. Настоящата газопреносна мрежа на ЕС ще може да бъде намалена дори и при най-оптимистичните варианти за употребата на водород.
Вероятно не всички настоящи потребители на газ ще се възползват от бъдещата наличност на водород. Разминаването между разходите и ползите свързани, с внедряването на водородната инфраструктура, би представлявало значителен риск за обществената ѝ легитимност.